PS. BP dipimpin oleh seorang Ketua Program studi. Ketua Program Studi ini diusulkan oleh anggota dosen program studi berdasarkan Musyawarah. Masa Jabatan Ketua PS selama 4 tahun. Mulai tahun 2010, Ketua PS dibantu oleh Sekretaris PS untuk melaksanakan tugas pokok di program studi. Tugas Ketua Program Studi mengkoordinir kegiatan-kegiatan dan memimpin rapat-rapat yang terkait dengan perkembangan program studi. Mekanisme koordinasi antara KPS dengan dosen melalui rapat program yang diadakan sebulan sekali, sedangkan koordinasi dengan mahasiswa melalui HMP-BP.

PS. BP merupakan salah satu Program Studi dari 6 program studi yang ada di Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Brawijaya sehingga struktur dan suasana organisasinya saling terkait satu sama lain.

Periode Kepengurusan Ketua Program Studi Budidaya Perairan FPIK UB:

1. Periode 1992 – 1996 : Ir. A. Muchlis, MS
2. Periode 1996 – 2000: Ir. M. Fadjar, M.Sc
3. Periode 2000 – 2003: Dr. Arief Prajitno, MS
4. Periode 2003 – 2007: Ir. Bambang Susilo Widodo
5. Periode 2007: Ir. Maheno Sri Widodo
6. Periode 2007 – 2011: Ating Yuniarti, S.Pi, M.Aqua
7. Periode 2011 – 2014: Dr. Ir. Agoes Soeprijanto, MS
8. Periode 2014 – 2018: Dr. Ir. M. Fadjar, M.Sc
9. Periode 2018 – Sekarang: Wahyu Endra Kusuma, S.Pi, MP. D.Sc

Sekretaris Program Studi Budidaya Perairan:

1. Periode 2010 – 2012: Wahyu Endra Kusuma, S.Pi, MP
2. Periode 2012 – 2013: Muhammad Fakhri, S.Pi, MP, M.Sc
3. Periode 2013 – 2014: Qurrota Ayunin, S.Pi, MP, M.Sc
4. Periode 2014 – 2017: Budianto, S.Pi, MP, M.Sc